大鼠脑组织 Sirt1 转录本定量(cDNA qPCR)
Browse experimental protocolsQuantify Sirt1 relative to GAPDH in cDNA prepared from rat brain RNA using separate SYBR Green qPCR reactions.
Scope and method
Sample:大鼠脑组织 RNA 经反转录获得的 cDNA;每孔 10 ng cDNA。
- Wistar ICV-STZ rat
- Age
- 3–4月龄
- Sex
- Male
- Tissue
- 脑组织来源 cDNA。
Reagents and materials
Procedure
SYBR Green 反应
SYBR Green qPCR。
配制反应预混液
每孔配制 5ul PowerUp SYBR Green Master Mix(A25776,Applied Biosystems–Thermo Fisher)和 1ul 正反向引物工作混合液(用无核酸酶水配至 5 µM)。
分装预混液
使用 Multipette E3 自动移液器,将 6ul SYBR 预混液加入每孔。
加入 cDNA
每孔加入 4ul cDNA(10 ng),置于 LightCycler 480 的 384 孔反应板(Roche,4729749001);每项检测设置 3 个技术重复。
实时扩增
使用 LightCycler 480:50˚C 2 min;95˚C 2 min;随后 95˚C 15 s、60˚C 1 min,重复 40 个循环。
读取 Ct
使用 LightCycler 软件获取各样品的阈值循环数(Ct)。
表达量分析
使用内参基因和对照实验组,以 ΔΔCt 法分析表达数据。
Quality control and readouts
核对 Sirt1 和 GAPDH 引物序列,分别检查扩增特异性、技术重复一致性及阴性对照。比较组使用一致的样品处理与分析方式;技术重复不计为独立动物数。GAPDH 用作内参前应确认在研究条件下表达稳定。
Sirt1 与 GAPDH 的 Ct 值、ΔCt、相对于对照组的 ΔΔCt,以及 Sirt1 相对表达量(2^−ΔΔCt)。
- Study design
- Sirt1 与 GAPDH 分别设置反应,每个样品的每项检测设 3 个技术重复;比较实验组与对照组的归一化表达量。
References
- Vila M. Gene expression analysis by quantitative Real-Time PCR (qPCR). protocols.io, v1, 2022. DOI:10.17504/protocols.io.ewov1oyz2lr2/v1.
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- Bustin SA, et al. MIQE précis: Practical implementation of minimum standard guidelines for quantitative real-time PCR experiments. BMC Molecular Biology 2010;11:74. PMID 20858237. doi:10.1186/1471-2199-11-74